Rumah Sakit St. Gabriel Kewapante pada awal didirikan tepatnya  tahun 1966  merupakan poliklinik rawat jalan dan BKIA dengan kapasitas 8 tempat tidur. Seiring dengan berjalannya waktu dan berkembangnya kebutuhan pelayanan kesehatan dari masyarakat yang semakin meningkat, maka pada tahun 1992 menjadi Balai Pengobatan dengan kapasitas 10 tempat tidur dengan pelayanan penunjang Laboratorium sederhana, Farmasi, Rekam Medik, Dapur, Bilik Cuci dan ruang perawatan rawat inap. Balai Pengobatan St. Gabriel Kewapante berlokasi di jalan raya Kewapante Watublapi yang dirintis dan dikelola oleh Suster-Suster Misi Abdi Roh Kudus (SSpS).

Pada tanggal 26 Desember 2006 Balai Pengobatan merupakan Balai Pengobatan (BP) St. Gabriel Kewapante berubah status menjadi Rumah Sakit Umum dengan kapasitas 50 tempat tidur dan diresmikan menjadi Rumah Sakit pada tanggal 15 Januari 2007 bertepatan dengan pesta St. Arnoldus Yanssen, Pendiri Kongregasi Misi Abdi Roh Kudus (SSpS) dimana Tarekat ini adalah pemilik Rumah Sakit St. Gabriel Kewapante.

Yang menjadi payung hukum Rumah Sakit St. Gabriel Kewapante di bawah pengelolaan Yayasan St. Gabriel Maumere dimana Yayasan ini membawahi bidang pendidikan, kesehatan dan sosial. Merujuk pada Undang-Undang  Rumah sakit nomor 44 tahun 2009 yang mengatur bahwa Rumah Sakit harus memiliki Yayasan sendiri yang khusus mengelola Rumah Sakit dan unit kesehatan lainnya, maka pada tahun 2011  didirikan Yayasan Stenmans yang khusus mengelola Bidang Kesehatan (RS dan BP).

Guna meningkatkan mutu pelayanan serta mengantisipasi era globalisasi dimana perkembangan di bidang kesehatan maju dengan cepat, maka Rumah Sakit St. Gabriel Kewapante mulai melakukan investasi peralatan untuk mempercepat/mengakuratkan diagnosa pasien yang dirawat agar dapat dilayani dengan baik. Untuk memenuhi tuntutan tersebut, pihak manajemen Rumah Sakit St. Gabriel Kewapante terdorong untuk mengembangkan diri  dengan melakukan pembangunan gedung dan penambahan fasilitas-fasilitas  pelayanan kesehatan yang lebih lengkap dan dapat memberikan pelayanan yang lebih efektif.

Dalam kurun waktu satu dasa warsa, pengelolaan Rumah Sakit St. Gabriel Kewapante mengalami banyak kemajuan dalam hal peningkatan Sumber Daya Manusia, penambahan fasilitas dan peralatan-peralatan serta inovasi pelayanan kesehatan, sehingga pada tahun 2014 kapasitas tempat tidur bertambah menjadi 90 tempat tidur dengan klasifikasi kelas sebagai Rumah Sakit Umum Kelas D dan status Akreditasi Dasar 5 Pelayanan versi 2007.